En 988, Guilhem Sanche, devenu comte de Gascogne quelques années auparavant, fonde une abbaye en l’honneur de Severus, missionnaire du Ve siècle à qui les récits légendaires attribuent la christianisation de la cité.
L’église abbatiale se distingue par son architecture empruntée à Cluny II, mais aussi par la qualité de son décor sculpté. Parmi ses 140 chapiteaux, 77 datent des XIe et XIIe siècles. D’une incroyable variété, ces sculptures témoignent de l’importance du foyer de Saint-Sever à la période romane. Certains de ces chapiteaux présentent une sculpture inédite de feuilles lisses, réinterprétation épurée des modèles antiques.
Dès le XIe siècle, la ville devient un important lieu de pèlerinage. La communauté acquiert alors une véritable autonomie économique et un développement spirituel remarquable, si bien que l’abbaye s’affirme comme l’une des plus puissantes du Sud-Ouest à cette époque.
Vers 1060, l’abbé Grégoire de Montaner enrichit la bibliothèque du monastère par la commande du célèbre Beatus de Saint-Sever. Ce manuscrit de l’Apocalypse, enluminé par les moines de l’abbaye, est actuellement conservé à la Bibliothèque Nationale de France.
