Les pèlerins faisaient étape au prieuré de La Charité pour vénérer les reliques (un morceau de la Croix, un cheveu de la Vierge et une dent de saint Jacques) et pour bénéficier de la charité des moines, vertu qui baptisa la cité ligérienne. La construction de l’église prieurale aurait commencé vers 1070. L’église est consacrée en 1107, par le pape Pascal II.
Le décor de l’église Notre-Dame est d’un intérêt majeur. Sa richesse et son bon état de conservation permettent d’appréhender la variété des thèmes, les évolutions techniques et stylistiques de la sculpture aux XIe et XIIe siècles. Les deux portails romans de la tour Sainte-Croix sont conservés, avec des traces de polychromie. Ils représentent l’Ascension et la Transfiguration – deux événements particulièrement célébrés dans la liturgie clunisienne – au-dessus de scènes de la Nativité.
La relation entre l’église Sainte-Croix-Notre-Dame et l’abbatiale de Cluny III s’apprécie dans le plan des deux édifices, similaire, comme leur mode de construction : même ordonnance de l’élévation du chœur, rond-point à huit colonnes… La prieurale est d’autant plus importante pour la recherche que Cluny III a pratiquement disparu. Malgré la destruction presque complète de sa nef, l’église Sainte-Croix-Notre-Dame a conservé une architecture et un décor authentiques, représentatifs du roman en Bourgogne mais aussi en France.
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