L’église Saint-Michel apparaît dans les textes au XIe siècle, comme dépendance de l’abbaye Sainte-Croix de Bordeaux. L’édifice actuel succède à une église romane entreprise au XIIe siècle. La grande église gothique est mise en chantier au début du XIVe siècle. Elle est au centre d’une paroisse peuplée et dynamique, où le commerce et l’artisanat sont intimement liés à l’activité portuaire.
Le clocher isolé, surnommé « La Flèche » par les Bordelais, est construit principalement entre 1472 et 1494. Il est alors le plus haut clocher de pierre du royaume. Il fut dressé au-dessus d’une ancienne chapelle funéraire où les confréries célébraient la mémoire des défunts de la paroisse.
La chapelle Saint-Joseph hébergeait très probablement la puissante confrérie des mariniers Notre-Dame-de-Montuzet, qui partait chaque année en pèlerinage sur la Garonne jusqu’à la chapelle de Plassac, près de Blaye.
Une confrérie dédiée à Saint-Jacques, mentionnée dans l’église en 1403, organisait des messes et des prières, et honorait la mémoire de ses défunts. La confrérie siégeait dans la chapelle Saint-Jacques, attestée en 1457, et qui aujourd’hui conserve toujours le même emplacement
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