A l’époque médiévale, la ville de Bayonne est un port commercial important entre l’Espagne, l’Angleterre et l’Aquitaine grâce à sa proximité avec l’océan d’une part, et sa situation au confluent de la Nive et de l’Adour d’autre part. Arrivés à Bayonne, voyageurs, marchands et pèlerins pouvaient poursuivre leur route, parfois jusqu’à Saint-Jacques-de-Compostelle, en longeant le golfe de Gascogne ou en rejoignant Saint-Jean-Pied-de-Port.
Par ses dimensions imposantes (80 mètres de long, 33 mètres de large et 26 mètres de hauteur sous voûte dans le vaisseau central), la cathédrale Sainte-Marie fait partie des églises gothiques les plus imposantes de la région pyrénéenne. Le chantier s’étend sur près de quatre siècles, de la deuxième moitié du XIIIe siècle au début du XVIe siècle.
Au début du XIXe siècle, l’église est dans un état de délabrement important après avoir servi de caserne et d’espace de stockage pendant la Révolution et les guerres napoléoniennes. Commence alors une longue période de restaurations qui vont profondément modifier l’apparence de la cathédrale.
Dans la cathédrale, plusieurs éléments témoignent d’une dévotion à saint Jacques le Majeur : une chapelle qui lui est dédiée, attestée depuis le XVIIe siècle ; une statue du saint placée au trumeau du portail sud (aujourd’hui dans la sacristie), datée du XIIIe ou du XIVe siècle et restaurée au XIXe siècle ; un tableau du XVIIe siècle, attribué à l’Ecole espagnole.